แม้จะได้รับความนิยม แต่ก็มีผู้ที่ตั้งคำถามถึงความปลอดภัยของเห็ดหลินจือแดง งานวิจัยบางชิ้นพบว่าผู้ที่รับประทานเห็ดหลินจือแดงเป็นเวลา 4 เดือนมีแนวโน้มที่จะได้รับผลข้างเคียงเกือบสองเท่าเมื่อเทียบกับผู้ที่ได้รับยาหลอก ผลกระทบเหล่านี้มีเพียงเล็กน้อยและรวมถึงความเสี่ยงที่เพิ่มขึ้นเล็กน้อยของอาการปวดท้องหรือความทุกข์ทางเดินอาหาร ไม่มีรายงานผลเสียต่อสุขภาพตับ
งานวิจัยอื่น ๆ ยังระบุด้วยว่าการรับประทานสารสกัดจากเห็ดหลินจือแดง 4 สัปดาห์ไม่ก่อให้เกิดผลเสียใด ๆ ต่อตับหรือไตในผู้ใหญ่ที่มีสุขภาพดี ในทางตรงกันข้ามกับรายงานเหล่านี้มีรายงานปัญหาเกี่ยวกับตับที่สำคัญในสองเคส
ทั้งสองคนในกรณีศึกษาเคยใช้เห็ดหลินจือแดงมาก่อนโดยไม่มีปัญหา แต่พบผลเสียหลังจากเปลี่ยนไปใช้แบบผง ทำให้ยากที่จะทราบแน่ชัดว่าเห็ดเองมีส่วนรับผิดชอบต่อความเสียหายของตับที่สังเกตได้หรือมีปัญหากับสารสกัดแบบผงหรือไม่
สิ่งสำคัญคือต้องสังเกตว่าการศึกษาเห็ดหลินจือแดงจำนวนมากไม่ได้รายงานข้อมูลด้านความปลอดภัยดังนั้นจึงมีข้อมูลโดยรวมที่ จำกัด มีกลุ่มคนหลายกลุ่มที่ควรหลีกเลี่ยงเห็ดหลินจือแดง รวมถึงผู้ที่ตั้งครรภ์หรือให้นมบุตรมีความผิดปกติของเลือดจะได้รับการผ่าตัดหรือมีความดันโลหิตต่ำ
ซึ่งหลินจือแดงนี้เป็นพืชที่ขึ้นตามธรรมชาติเป็นสมุนไพรของจีน ดังนั้นผู้ที่ทานไปโดยที่ไม่รู้ว่าประโยชน์ของมันคืออะไรก็เป็นสิ่งที่ไม่ดีเช่นกัน ก่อนทานเราต้องศึกษาที่มา หรือรับรู้ความเป็นไปได้อย่างละเอียดก่อนว่าประโยชน์ของมันมีอะไรบ้าง และไม่ควรที่จะทานมากเกินไป เพราะมันมีคุณสมบัติเป็นยาเช่นกัน